Cục Quản lý Y, Dược cổ truyền có tư cách pháp nhân, có con dấu, tài khoản riêng và có trụ sở làm việc tại thành phố Hà Nội. Tổ chức bộ máy và cơ chế hoạt động như sau:
Cục Quản lý Y, Dược cổ truyền là cục chuyên ngành thuộc Bộ Y tế, thực hiện chức năng tham mưu, giúp Bộ trưởng Bộ Y tế quản lý nhà nước và tổ chức thực thi pháp luật, chỉ đạo điều hành các hoạt động chuyên môn, nghiệp vụ về lĩnh vực y dược cổ truyền trong phạm vi cả nước với mục tiêu kế thừa, bảo tồn và phát triển y dược học cổ truyền, kết hợp với y dược học hiện đại trong việc chăm sóc và bảo vệ sức khoẻ nhân dân; xây dựng nền y dược Việt Nam hiện đại, khoa học, dân tộc và đại chúng.